Le HDH a une mission d’animation de l’écosystème des entrepôts de données de santé en France, d’accompagnement des lauréats de l’AAP entrepôt de données de santé et de construction d’une doctrine des entrepôts de données de santé en France. Dans ce cadre, ses équipes ont une visibilité sur les entrepôts de données de santé existants sur les territoires.
Le HDH n’a pas vocation à contrôler leur conformité ou à recueillir des déclarations attestant de leur conformité. Ce rôle est assuré par la CNIL, chargée de contrôler la mise en conformité à son référentiel relatif aux entrepôt de données de santé ou de délivrer des autorisations.