Les traitements de données du SNDS/base principale ne sont pas inclus dans le cadre de la méthodologie de référence MR-001 et nécessitent une autorisation de la CNIL. Dans le cadre de la MR004, il est possible d’utiliser des données figurant dans des systèmes fils existants conformes au référentiel de sécurité du SNDS/base principale et aux dispositions du code de la santé publique (cf. titre V de la MR004). Par contre, s’il s’agit d’un appariement ponctuel pour un projet de recherche n’impliquant pas la personne humaine, il sera nécessaire de solliciter une autorisation de la CNIL.