La CNIL est effectivement compétente en matière d'audit du SNDS/base principale : en 2017, elle a par exemple effectué des actions de contrôle sur le SNIIRAM. Il est à noter que les audits sont aussi à la charge des responsables de traitement du SNDS/base principale, en complément desquels le comité d'audit du SNDS/base principale fixe la stratégie et la programmation d'autres audits.