LOINC et SNOMED ne sont pas utilisés dans le SNDS/base principale.
Dans le cadre de la standardisation de la base principale du SNDS/base principale au format OMOP menée par le HDH, SNOMED est utilisé comme standard pour décrire les actes techniques et de biologie, les diagnostics, et les dispositifs médicaux. Lors du projet EMC2, qui a pour objectif de standardiser au format OMOP des données de centres hospitaliers, LOINC sera utilisé pour décrire les tests de laboratoire et de biologie.